Der heutige Plüschowhafen sollte schon 1865 militärische Bedeutung erhalten, denn Generalstabschef Moltke plante damals, an der Stegelhörner Bucht eine Werft zu errichten. Das Vorhaben konnte jedoch durch den ausbrechenden Krieg mit Österreich im Jahre 1866 nicht verwirklicht werden.
Der Hafen und das angrenzende Gelände wurden 1889 vom Staat gekauft, und 1913 begann landeinwärts der Bau einer provisorischen Start- und Landebahn. Im Uferbereich sollten 1918 ein Torpedohafen und eine Uboot-Werft entstehen; nach wenigen Monaten mussten die Arbeiten bei Kriegsende abgebrochen werden, obwohl sie schon weit fortgeschritten waren. Der entstandene Stegelhörner Hafen erhielt seinen Namen durch die Bucht, in der er liegt.
Da nach dem Ersten Weltkrieg keine militärische Nutzung der Analgen erlaubt war und die Stadt Kiel den Wunsch nach einem zivilen Flughafen hegte, fand ein erneuter Besitzerwechsel statt, und der weitere Ausbau des Flughafens erfolgte mit städtischen Mitteln.
Nach längeren Aufräumarbeiten und der Befestigung des Ufers begann 1925 der Bau der Stickenhörner Mole (eine Verballhornung des Namens Stegelhörn), um den Hafen vor Oststürmen zu schützen.
1929 wurde der Bau mangels finanzieller Mittel abgebrochen. Die Wirtschaftskrise hatte noch weitere Auswirkungen: So sah sich die Stadt Kiel 1934 gezwungen, das Gelände einschließlich Flugplatz, Hafenanlage und Mole wieder an den Staat zu verkaufen.
Noch im selben Jahr taufte die Marine den Stegelhörner Hafen zu Ehren Gunther Plüschows in Plüschowhafen um. Über die Nutzung des Ha<fens während des Zweiten Weltkrieges liegen keine Informationen vor. Die Engländer gründeten aber schon im Juni 1945 den „British Kiel Yacht Club“ und übernahmen einige Yachten, die von deutschen Eignern versteckt worden waren. Der Plüschowhafen wurde Yachthafen der Engländer in Kiel, der er heute noch ist.